被罚款1000元，是否合法？

不合法。公司非行政机关，无权对员工罚款。《行政处罚法》规定，罚款是行政处罚，公司需采取合法方式处理员工过错，如任意罚款，员工可申请劳动仲裁。严重后果可能导致员工关系紧张，甚至引发法律纠纷。
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公司可采取在劳动合同中约定、制定员工手册或规章制度、以奖代惩等合法方式处理。选择时应确保规定合法、公示并经员工同意，避免法律纠纷。
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不合法。处理方式：1.劳动合同中明确约定劳动定额及未完成时的工资发放；2.制定合法的员工手册或规章制度，明确违纪处罚并公示；3.设立奖金制度，如“全勤奖”，以奖代惩。操作需确保所有规定合法且经员工同意，否则员工有权申请劳动仲裁。